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Index der beschriebenen Skriptbefehle

XXX

1: Einlesen der Molekülkoordinaten

  • load (Einlesen von Molekülkoordinaten)
  • zap (Löscht das geladene Molekül)
  • Welche Datentypen versteht Jmol
  • Wo finde ich Strukturdaten (3D-Koordinaten)

2: Auswahl von Molekülfragmenten

  • atom expressions (Atom-Auswahllisten erstellen)
  • define (Gruppen von Atomen mit einem symbolischen Namen versehen)
  • select (Anwählen von spezifizierten Atomen)
  • restrict (Ausschluss von Atomen aus der Darstellung)
  • within (Auswahl aufgrund der Distanz zu einem Objekt und Ausweitung der Auswahl auf das übergeordnete Objekt)
  • substructure
  • model
  • frame

3: Moleküldarstellung

  • spacefill (Atome werden als Kugeln dargestellt)
  • star (markiert Atome durch ein Fadenkreuz)
  • backbone (C-alpha Trace)
  • trace (geglätteter Kettenverlauf)
  • strand (Kettenverlauf als Band aus parallelen Linien dargestellt)
  • meshribbon (Kettenverlauf als Band
  • ribbon (Kettenverlauf als undurchsichtiges Band dargestellt)
  • cartoon (Abstracte Darstellung der Faltung von Proteinen und Nukleinsäuren)
  • rocket (noch stärkere Abstraktion als cartoon)
  • set cartoonRockets (kompromiss zwischen Cartoon und Rockets)
  • dots (Oberflächen als Punkte)
  • polyeder (Darstellung von Komplexen als Polyeder)
  • IcaoCartoon
  • geoSurface
  • isoSurface
  • pmesh
  • mo
  • draw

4: Darstellung von Bindungen

  • wireframe (Bindungen)
  • ssbonds (Disulfid-Brücken in Proteinen)
  • hbonds (Wasserstoffbrücken)
  • bondorder
  • connect
  • dipole

5: Anfärbung

  • color
  • set defaultColors

6: Ausrichtung, Darstellungsgrösse und Bewegung

  • center (Definition des Rotationszentrum in Molekülkoordinaten)
  • centerAt (Definition des Rotationszentrum in Bidschirmfenster-Koordinaten)
  • zoom (Grösse der Darstellung)
  • translate (Verschiebung)
  • rotate (Rotation)
  • reset (alle Transformationen rückgängig machen, Ursprungsgrösse und Lage und Orientierung wieder herstellen)
  • slab (Vordergrund abschneiden)
  • depth (Hintergrund abschneiden)
  • fractional coordinates

7: Animation

  • spin (kontinuierliche Molekülrotation)
  • move (Bewegung in eine vorgegebene Transformation)
  • moveto (Bewegung um eine vorgegebene Transformation)
  • animation (Morphs, Moleküldynamik, NMR-Strukturen)
  • vibration (Darstellung von Molekülschwingungen)
  • vector (Darstellung von Molekülschwingungen)

8: Interaktive und geskriptete Messung von Distanzen, Winkeln und Torsionswinkeln

  • measure (Messen und Anzeigen von Distanzen, Winkeln und Dihederwinkeln)
  • set measurement (Konfiguration von Masseinheiten und Darstellung der Messwerte)
  • set picking angle (interaktiv, Reaktion auf Maus-Klicks )
  • set picking distance (interaktiv, Reaktion auf Maus-Klicks)
  • set pickingStyle (Mausverhalten)

9: Beschriftung und Skriptannotation

  • frank
  • echo
  • hover
  • label
  • comments

10: Hintergrundfarbe, Beleuchtung, Perspektive, Stereo

  • background
  • set lighting and perspective
  • set highlights
  • set visibility
  • stereo

11: Abfragen

  • show ...
  • set picking (Definiert, was als Reaktion auf einen Mausklick auf ein dargestelltes Objekt geschehen soll)
  • set callback
  • message
  • status reporting
  • getPrperty

12: Skriptkontrolle

  • script or source (Lädt ein externes Jmol-Skriptfile)
  • set scriptQueue (Reihenfolge der Skriptausführung)
  • delay (Pause in der Skriptausführung)
  • refresh (Update der Moleküldarstellung)
  • loop (Programmschleife im Skript)
  • exit (Abbrechen der Skriptausführung)
  • quit (Abbrechen der Skriptausführung)
Jmol Interactive Scripting Documentation
Last changed by: A.Honegger, 9/4/08