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Molekülkoordinaten-Datenformate
Jede Jmol-Darstellung beginnt mit dem Einlesen einer Koordinatendatei, die mindestens die Positionen der Atome im Raum festlegt.
Unterstützte Datenformate:
| CIF | Crystallographic Information File |
| mmCIF | Macromolecular Crystallographic Information File |
| CML | Chemical Markup Language file |
| CSF | Fujitsu CAChe chemical structure file |
| CTFile | Elsevier Molecular Design chemical table file |
| GAMESS | General Atomic and Molecular Electronic Structure System output file |
| Gaussian | Gaussian, Inc. output file |
| HIN | HyperChem native file |
| Jaguar | National Center for Supercomputing Applications Jaguar output file |
| MM1GP | Ghemical molecular mechanics file |
| MOL | Elsevier Molecular Design structure file |
| MOLPRO | Molpro output file |
| MOPOUT | MOPAC (public domain) output file |
| NWCHEM | Pacific Northwest National Laboratory NWChem output file |
| PDB | Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank file |
| QOUT | Q-Chem, Inc. output file |
| SHELX | SHELX output file |
| SMOL | Wavefunction, Inc. Spartan data file |
| XYZ | Minnesota Supercomputer Institute XMol file format |
| XYZ+vib | XYZ format files with added vibrational vector information (source unknown) |
| XYZ-FAH | Folding@home XYZ file |
Bitte konsultieren sie die exzellente Dokumentation von Bob Hanson:
"Jmol Interactive Scripting Documentation"
für aktuelle Information über die neuesten Jmol Updates
Der Befehl "load [filetype] [filepath/filename];" liest die Molekülkoordinaten aus einem Koordinatenfile ein. Der Parameter [filetype] kann dabei weggelassen werden, er wird von Jmol ignoriert und ist nur dann notwendig, wenn das gleiche Jmol Skript auch in Chime oder Rasmol verwendet werden soll. Der anzugebende Filepfad ist für die Stand-Alone Applikation "Jmol.jar" relativ zum jar -File, für das in eine Webseite eingebaute "JmolApplet.jar" relativ zur Webseite. befindet sich das Koordinatenfile im gleichen Ordner wie "Jmol.jar" oder wie die Webseite, so entfällt die Angabe des Verzeichnispfads.
load ""; lädt das schon einmal geladene Molekül neu und setzt damit die Darstellung in den Ursprungszustand zurück.
zap; löscht das geladene Molekül. In Jmol eigendlich nicht notwendig, aber In Rasmol/Chim sollte vor dem Laden eines neuen Moleküls das alte mit "zap;" gelöscht werden.
Jmol versteht eine Vielzahl unterschiedlicher Fileformate. Eingabefilter für weiter Formate werden nach Bedarf hinzugefügt. Komprimierte Files werden automatisch vom Webbrowser dekomprimiert.
Prinzipiell müssen alle Formate die x- y- und z-Koordinaten jedes Atoms sowie die Identität des Atoms beinhalten, weitere Informationen sind abhängig vom Molekülformat. Enstprechend sind gewisse Auswahl- und Darstellungsoptionen in Jmol davon abhängig, ob das Eingabefile die entsprechende Information enthält oder nicht.
mmCIF-Format und PDB-Format sind die gebräuchlichsten Formate für biologische Makromoleküle (Proteine und Nukleotide). Experimentell ermittelte Strukturen von biologischen Makromoleküle finden Sie in der Protein Datenbank.
Das PDB-Format ist weniger geeignet für kleine Moleküle, da es zB. keine Informationen über den Bindungstyp enthalten. Für diese sind das XYZ-, das MOL- und das CIF-Format geeigneter. Experimentelle Strukturen von kleinen Molekülen finden Sie in der Cambridge Database und in der Inorganic Crystal Structure Database. Weitere Datenquellen finden Sie in der Linkliste.
In diesem Tutorial werden wir hauptsächlich mit dem MOL- und dem PDB-Format arbeiten.
