Jmol kennt verschiedene Typen von Animationen:

Einfache Bewegungsanimationen werden mit den Befehlen "spin", "move" und "moveto" erzeugt. Dieser Animationstyp wurde schon besprochen.

Eine vorberechnete Moleküldynamikanimation benütze ein Koordinatenfile, das eine vorberechnete Serie von unterschiedlichen Konformationen des gleichen Moleküls enthält. Diese sind im Koordinatenfile hintereinander angeordnet und durch MODEL oder FRAME voneinander abgetrennt. Beispiele sind Morph-Files, in denen zwischen zwei unterschiedlichen Konformationen des Moleküls interpoliert wird (The Yale Morph Server und Database of Macromolecular Movements), Molekular Dynamics-Files, in denen die thermische Bewegung des Moleküls simuliert wird, und Dateien aus der Kernresonanz-Spektroskopie, die eine Serie unterschiedlicher Koordinatensets enthalten, die alle die experimentellen Constraints erfüllen.

animation [ on | off ];
animation direction [ +1 | -1 ];
animation fps [ frames-per-second ];
animation mode loop [ time-delay1 time delay2];
animation mode once;
animation mode palindrome;

animation frame [ specific-frame | all | next | pause | playrev starting-frame | play starting-frame | previous | range starting-frame ending-frame | resume starting-frame | rewind ];

frame [ specific-frame | all | next | pause | playrev starting-frame | play starting-frame | previous | range starting-frame ending-frame | resume starting-frame | rewind ];

model [ specific-frame | all | next | pause | playrev starting-frame | play starting-frame | previous | range starting-frame ending-frame | resume starting-frame | rewind ];