Hintergrundfarbe:

Die Hintergrundfarbe des Jmol Applets kann sowohl über einen Jmol Javaskript-Befehl vor dem einbetten des Applets in die Internetseite (jmolSetAppletColor(boxbgcolor, boxfgcolor, progresscolor); ) wie auch über einen Jmol Skriptbefehl eingestellt werden.

background [ color ]; Hintergrundfarbe des Molekülfenster
background hover [ color | none ]; Hintergrundfarbe der Pop-up-Label
background labels [ color | none ]; Hintergrundfarbe der permanent dargestellten Label

Je nach Hintergrundfarbe kann es nötig sein, die Farbe von Labels (color label [color];) und Fensterbeschriftung (color echo [color];) anzupassen.

Beleuchtung:

set ambient [ percent ]; ungerichtete Beleuchtung, die Schatteneffekte aufhellt. "set ambien 100; unterdrückt drn schattenwurf vollständig und erzeugt ein flaches, unrealistisches Bild.

set diffuse [ percent ]; diffuse aber gerichtete Beleuchtung aus der Richtung der Lichtquelle

set specular [ percent ]; Grösse der Lichtreflexe

set specpower [ integer ]; Punktdichte in den Lichtreflexen