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Moleküldarstellungen
Klassische Darstellungen von kleinen Molekülen sind das Kalottenmodell, Stick-and-Ball sowie reine Bindungsmodelle
Zuerst müssen die beiden an der zu ändernden Bindung beteiligten Atome angewählt werden, dann kann der Bindungstyp zugeordnet werden:
Atome werden als Kugeln, Bindungen als Zylinder dargestellt
spacefill [ on | off ]; Darstellung der Atome als Kugeln.
spacefill [ radius-in-Ångström ]; Dezimalzahlen werden als Ångström , ganze Zahlen werden als Rasmol-Einheiten interpretiert.
spacefill [nn%]; Radius in Prozent des Van-der-Waals Radius..
spacefill [+solvent-probe-radius]; Radius= Van-der-Waals Radius + Lösungsmittel.
spacefill ionic; benützt Ionenradius statt Van-der-Waals Radius.
spacefill temperature; benützt Temperaturfaktor als Radius.
wireframe [ on | off ]; Darstellung der Bindungen zwischen den Atomen als Linien wireframe [ radius-in-Ångström ]; Darstellung als Zylinder
color bonds [color]; erlaubt es, Bindungen unabhängig von der Atomfarbe anzufärben.
set autobond [ on | off ]; Nicht alle Fileformate enthalten Information darüber, welches Atom mit welchem verbunden ist. Falls diese Information im Koordinatenfile nicht enthalten ist, müssen die Bindungen berechtnet werden (default: on).
set bonds [ on | off ]; Nicht alle Fileformate enthalten Information über den Bindungstyp (Einzel- Doppel- und Tripelbindung, partielle Doppelbindung). "set bonds" spezifiziert, ob Mehrfachbindungen dargestellt werden oder nicht, falls die Information vorhanden ist.
set bondmode [ and | or ]; Ist der Bondmode auf "and" gesetzt, wird die Bindung nur dann dargestellt, wenn beide der daran beteiligten Atome dargestellt werden. Ist er auf "or" gesetzt, so genügt es, dass eines der daran beteiligten Atome dargetellt wird.
Manche Koordinatendatei-Formate enthalten Information über den Bindungstyp, andere (zB PDB) nicht. Mit "Bondorder" lässt sich der Bindungstyp explizit zuordnen.
bondorder [connection-options];
[connection-options] is SINGLE, DOUBLE, TRIPLE, QUADRUPLE, AROMATIC, PARTIAL, PARTIALDOUBLE, PARTIALTRIPLE, PARTIALTRIPLE2, PARTIAL N.M, UNSPECIFIED, or HBOND. Statt der Beschreibung des Bindungstyps kann dieser auch als Zahl eingegeben werden: Erlaubte Werte sind: 0.5, 1, 1.5, 2, 2.5, 3, 4, -1, -1.5, -2.5
-1, -1.5, und -2.5 entsprechen HBOND, PARTIALDOUBLE (reverse solid/dash in AROMATIC), und PARTIALTRIPLE2
Werden Mehrfachbindungen dargestellt, sollte der Wireframe-Radius klein gewählt werden.
