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Atomauswahl
Hat man einen Satz Atomkoordinaten eingelesen, dann wählt man diejenigen Atome aus, deren Darstellung man ändern will
Nachdem mit dem Befehl "load [filename];" die Koordinaten eines Moleküls geladen wurden, erscheint eine Darstellung des Moleküls in "Stick-and-Ball"-Ansicht die nach den enthaltenen chemischen Elementen angefärbt ist. Diese kann man nun abändern, indem man das Molekül oder Teile davon auswählt , ausblendet, eine andere Darstellungsweise spezifiziert oder eine andere Anfärbung wählt.
Einige der wichtigsten Skriptkommandos zur Atomauswahl:
set display selected; hebt die ausgewählten Atome hervor, so dass Sie sehen können, welche Atome angewählt sind und welche nicht.
set display normal; kein Hervorheben der Auswahl.
Mit "select" wird eine Auswahl definiert, auf die die nachfolgenden Befehle angewandt werden:
select all; wählt alle vorhandenen Atome an, auch die, die gerade ausgeblendet sind
select [atom-expression]; wählt nur die spezifizierten Atome an.
define [name] [atom-expression]; mit "define" kann einer Atomauswahl ein symbolischer Namezugeordnet werden.
Einige Definitionen sind vorgegeben: protein, nucleic, dna, rna, solvent, water, helix, sheet, hydrophobic, hydrophilic, hetero, backbone, sidechain ...
restrict [atom-expression]; "restrict" macht alle Atome und Bindungen unsichtbar, die nicht zur spezifizierten Auswahl gehören:
Interaktiv: set picking atom; fügt mit der Maus angeklickt Atome zur Auswahl hinzu oder entfernt sie aus der Auswahl.
Unter der Moleküldarstellung sehen Sie einige Beispiele für Skriptbefehle, die die Atomauswahl betreffen. Klicken Sie einen der Befehle an und beobachten Sie, was er bewirkt.
