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Jmol - Tutorials
über Jmol
Das Open-Source-Programm Jmol kann kostenlos heruntergeladen werden und kann als unabhängiges, lokales Programm verwendet werden (Datei Jmol.jar) oder als Applet in eine Webseite eingebettet werden (JmolAppletxxx.jar Dateien). Dieses wird beim Aufruf einer entsprechenden Webseite vom Webserver geladen und erfordert daher keine lokale Installation. Die einzige Bedingung ist die, dass eine aktuelle Version der Java-Engine vorhanden ist (lokaleTestseite, externe Testseite).
Jmol wird sehr intensiv weiterentwickelt - wenn Sie selber Fehler entdecken, die in der neuesten verfügbaren beta-Version noch nicht korrigiert sind, oder sie Vorschläge haben, was für noch nicht vorhandene Features in das Programm eingebaut werden sollen, können Sie diese Vorschläge im Jmol-Benutzer-Forum anbringen.
Finden Sie Fehler oder haben Sie Verbesserungsvorschläge oder Wünsche zur Weiterentwicklung dieser Website / CD, so richten Sie diese bitte direkt an mich, Annemarie Honegger, honegger@ bioc.uzh.ch.
Jmol Interaktiv (Tutorial 1)
Für die Interaktive Arbeit mit Jmol stehen verschiedene Methoden zur Verfügung:
Sowohl in der Applikation wie auch im Applet können Molekülgrösse, Lage und Orientierung mit der Maus verändert werden, auch die Auswahl von Molekülbestandteilen kann mit der Maus erfolgen. In der eigenständigen Applikation Jmol.jar steht am oberen Fensterrand ein Menü zur Auswahl. Dieses Menü fehlt in einem in eine Webseite eingebetteten Applet, die gleichen Funktionen (mit Ausnahme des Zugriffs auf lokale Dateien) können aber über das Kontextmenü auf gerufen werden Das Kontextmenü kann mit einem Klick auf die rechte Maustaste oder mit "Cntl"-Klick geöffnet werden, und eine über dieses Kontextmenü aufrufbare Konsole bietet ein Command-Line-Interface.
Tutorial 1 stellt diese Methoden der Interaktion mit Jmol vor und bietet dabei eine Uebersicht über die verschiedenen Möglichkeiten der Moleküldarstellung
JMol Skriptkommandos (Tutorial 2)
In Tutorial 2 lernen sie die wichtigsten Skriptkommandos kennen. Eine umfassende Dokumentation finden Sie hier: Jmol Interactive Scripting Documentation (auf Englisch).
Jmol Javascript Bibliothek (Tutorial 3)
Eine Javaskript-Bibliothek (jmol.js) erleichtert den Einbau von interaktiven Kontrollelementen in eine Webseite. Diese übermitteln in die Webseite eingebaute oder vom Webserver abgerufene Jmolskripte an das Applet.
Tutorial 3 zeigt Ihnen, welche Möglichkeiten dabei zur Verfügung stehen, und wie Sie mit einfachen Mitteln selber eine Webseite mit Jmol-Moleküldarstellungen bestücken können. Die wichtigsten Jmol-Javascript-Befehle sind hier nochmals zusammengefasst .
Wer sich mit Javaskript-Programmierung auskennt, kann über die Message-Callback-Funktion des Applets Daten über die Moleküldarstellung abfragen und so noch komplexere Interaktionen einbauen. Dies übersteigt jedoch den Rahmen dieses Tutorials. Konsultieren Sie die Original-Dokumentation der Jmol-Javaskript-Bibliothek ( auf Englisch).
Die wichtigsten Web-Links zum Jmol-Kurs zeigen Ihnen den Weg zu Beispielen, Molekülkoordinaten und weiteren Informationen im Internet