set defaultColors [ jmol | rasmol ];

Anfärben von Objekten:

Atome, Bindungen, abstrakte Moleküldarstellungen wie Cartoon und Ribbon, Beschriftungen, u.s.w. können alle unabhängig voneinander eingefärbt werden.

color [object] [mode] [color];

[object] = [ atoms | dots | stars | bonds | ssbonds | hbonds | backbone | trace | ribbons | strands | meshribbon | polyhedra | cartoons | rockets | vectors | element (zB carbon) | labels | axes | boundbox | draw | echo | geosurface | hover | isosurface | measures | mo | pmesh | unitcell | user-defined-name ]

[mode] = [ opaque / translucent ]

Farbe: RGB-Wert dezimal (zb. [255,0,0]) | RGB-Wert hexadezimal (zB. [xFF66AA]) | vordefinierter Farbname (zB. white) | vordefinierbares Farbschema (zB. cpk). Eine umfassende Dokumentation aller von Jmol benützter Farbschemen und Farbnamen finden Sie hier.

vordefinierte Farbschemata: cpk | amino | group | chain | structure | shapely | monomer | formalcharge | partialcharge | temperature | relativetemperature

color cpk; färbt nach Atomtyp (chaemisches Element);
color chain; ist nützlich in Proteinen, weil es auf den ersten Blick erkennen lässt, aus wievielen Ketten ein Protein besteht;
color structure; färbt Proteine nach ihrer Sekundärstruktur (ihren Faltungselementen)
color monomer; färbt die Ketten in Makromolekülen in einem Regenbogen von blau am N-Terminus zu rot am C-Terminus

color hbonds type; färbt die Wasserstoffbrücken in Abhängigkeit von der Distanz der beteiligten Reste in der Sequenz an: (-4, gün; -3 cyan; +2, weiss; +3, magenta; +4, rot; +5, orange, alle anderen gelb);

Das default-Farbschema für chemische Elemente kann vom Benutzer umdefiniert werden mit:
color [element] [color]; zB. color carbon white; color nitrogen blue; color oxygen red;...

color altloc; Alternative Atomlokalisationen