 |
Inhaltsübersicht | Nanomaschinen | Moleküle | Programme | Kurse | Fun | Links |
 |
| > |
Definition einer Atomauswahl (Atom-Expression)
Wenn Sie ein Atom in der Strukturdarstellung anklicken, so erscheinen dessen vollständiger Name und seine Koordinaten in der Statuszeile des Webbrowsers.
Oeffnen Sie mit Hilfe des Kontextmenüs die Konsole, oder benützen Sie das Text-Eingabefeld, um die verschiedenen Möglichkeiten einer Selektion auszuprobieren!
Die aus den Koordinatenfile eingelesenen Atome werden sequentiell durchnumeriert und können mit dieser Nummer individuell angesprochen werden:
select atomno = 3; select atomno <7; select (atomno> 5 and atomno<10);
Atome können auf verschieden Weise nach ihrem Element ausgewählt werden:
select carbon; select *.C?; select elemno=12;
Makromoleküle enthalten zusätzliche Identifikationen, zB Kette, Nummer des Rests (Monomer, aus dem das Polymer aufgebaut ist), Art des Rests, Gruppen von Resten, zB Site (aktive Stelle) und Sekundärstrukturelemente Helix, Sheet, Turn
select *:A; Kette A
select 95^a; Rest Nummer 95, Insertionscode a
select [His]; Histidine
select 95^a:A.CA; Das C-alpha-Atom von Rest 95a in Kette A
Atomauswahl-Sets können mit den Bool'schen Operatoren "and", "or" und "not" kombiniert werden:
select *:A and not [His] ; select [Arg] or [Lys]; select hetero and not solvent;
within([ group | chain | element | model | molecule | site ], [atom-expression ]); erweitert die Auswahl auf eine übergeordnete Einheit.
select within(group, atomno=35); derjenige Rest, der Atom Nummer 35 enthält
within(distance-in-Ångström, atom-expression); erlaubt, Atome nach ihrer Distanz zu einer Atomauswahl zu selektionieren:
select within(5.0, [HEM]); alle Atome, die nicht weiter als 5 Å von der Hämgruppe entfernt sind.
select within(group, (within(5,0, [Hem]))) and not [HEM]; alle Reste, die von der Häm-Gruppe nicht weiter als 5 Å entfernt sind, ausser der Häm-Gruppe selbst.
select substructure [smiles-string];
In NMR und Animations-Files, die die Koordinaten für mehrere Konformere des selben Moleküls enthalten, wird "model [number];" oder "frame [number];" benützt, um ein bestimmtes Konformer anzusprechen
