Virtuelle (Nano) Welten: Jmol Interaktiv: Kontextmenü

Klicken Sie die rechte Maustaste oder drücken Sie gleichzeitig die "Cntl"-Taste und klicken Sie die (linke) Maustaste oder klicken Sie auf das "jmol"-Signet in der linken unteren Ecke des Molekülfenster

--> Jede dieser drei Aktionen öffnet ein Kontextmenü, über das Sie das Jmol Applet steuern können

Der oberste Eintrag im Kontextmenü ist der Name des geladenen Moleküls - hier finden Sie weitere Informationen über das Molekül und können das Koordinatenfile öffnen oder herunterladen.

"Model" oder "Modell" und "Configuration" oder "Einstellungen" erlauben in NMR oder Moleküldynamik-Files ein bestimmtes Modell oder einen Frame für die Darstellung auszuwählen, oder mehrere Modelle/Frames gleichzeitig darzustellen. Wenn die geladene Moleküldatei die dafür benötigten Informationen enthält, so erscheint die Anzahl von Modellen oder Konformationen im Menü, wenn nicht, erscheint dieser Menüpunkt in grauer Schrift und ist nicht anwählbar.

"Select" oder "Auswahl" erlaubt die Auswahl von Komponenten des Moleküls, auf die anschliessend spezifizierte Darstellungsoptionen angewendet werden. "Selection Halos" heben die angewählten Atome hervor. In Klammern steht die Anzahl Atome, die im Moment angewählt sind.

"View" oder "Ansicht" erzeugt eine langsame 90º-Rotation in die angewählte Orientierung.

Unter "Style" oder "Stil" können verschiedene Darstellungsweisen spezifiziert werden,
und unter "Color" oder "Farbe" lässt sich die Anfärbung der verschiedenen Elemente spezifizieren.

"Surfaces" oder "Oberflächen" erlaubt die Darstellung verschiedener Arten von Moleküloberflächen. Eine Van-der-Waals-Oberfläche entsteht, wenn die Atome als Kugeln mit VdW'Radius dargestellt werden.

Mit "Symmetry" oder "Symmetrie" können Sie Axen, Moleküldimensionen und Einheitszelle eines Kristalls darstellen, sofern diese Information in der Koordinatendatei vorhanden war.