Virtuelle (Nano) Welten: Jmol Interaktiv: Kontextmenü: Farbe

Mit dem "Farbe" Menü wird die Anfärbung der verschiedenen Elemente festgelegt. Zusätzlich können Oberflächen auch transparent dargestellt werden.

Die Farb-Optionen werden jeweils nur auf die ausgewählten Atome angewandt. Probieren Sie verschiedene Kombinationen von Atomauswahl und Farbgebung aus.

"RasMol Colors" erlaubt, die vorgegebenen Farbschemata für Atome (Elemente), Proteine und Peptide, Nukleinsäuren denen unter RasMol/Chime anzupassen. Es wird hauptsächlich dann benützt, wenn alte RasMol/Chime weiterverwendet werden sollen

Besonders interessant ist die Anfärbung von Makromolekülen nach bestimmten Farbschemen:

Die CPK-Anfärbung (Default) zeigt die Elemente an.
Die Anfärbung nach Ketten unterscheidet, aus wievielen Peptidketten das Molekül besteht.
Die Anfärbung nach Monomeren verwandelt jede Kette in einen Regenbogen von Blau am N-terminus der Kette zu Rot am C-terminus.
Die Anfärbung nach Sekundärstruktur hebt die Faltungselemente der Kette hervor
Die Anfärbung nach Temperaturfaktoren zeigt an, welche Teile der Struktur im Kristall besonders beweglich sind

Neben Atomen und Bindungen, Wasserstoffbrücken und Disulphidbrücken können auch geometrische Objekte wie Molekülachsen, Vektoren, Beschriftungen u.s.w. individuell eingefärbt werden.

Auch die Hintergrundfarbe kann angepasst werden. Die Grundeinstellung ist schwarz, auf diesen Internetseiten habe ich weiss als Hintergrundfarbe gewählt, aber auch jede andere Farbe ist möglich. Allerdings kann eine zu bunte Hintergrundfarbe den Kontrast zur Moleküldarstellung beeinträchtigen.