Virtuelle (Nano) Welten: Jmol Interaktiv: Kontextmenü

Mit "Vibration" wird die Darstellungsweise von Molekülvibrations-Daten bestimmt.

Mit "Animation" kann die Abspielweise von Moleküldynamik-Animationen beeinflusst werden

Mit "Measurements" oder "Messungen" bestimmen sie, in welchen Einheiten Ihre Distanzmessungen erfolgen sollen, und welche Grössen Sie messen wollen (Distanzen, Winkel, Dihederwinkel)

Mit "Set Picking" oder "Auswahlmodus" können Sie bestimmen, was passieren soll, wenn Sie auf ein bestimmtes Atom klicken.

Die Option "Console" oder "Konsole" ist die wichtigste Funktion. Mit ihr öffnen Sie die Jmol Skriptkonsole. Verschieben Sie diese am Besten so, dass sie nicht von der Webseite verdeckt werden kann.

Wenn Sie nun ein Atom anklicken, erscheinen Im Konsolenfenster die Identität dieses Atoms und seine Koordinaten. "[Leu]11.CD1 #88 (7.653, 18.334 22.93)" bedeutet zum Beispiel, das Sie gerade auf das CD1 Atom des Rests Nummer 11 in Ihrem Protein geklickt haben, dass dieser Rest ein Leuzin ist und dieses Atom das achtundachzigste Atom in der Struktur ist und sich in der Position x= 7.653, y=18.334 und z=22.93 befindet.

Im Konsolenfenster können Sie beliebige Jmol Skriptbefehle eingeben. Sobald sie "Execute" drücken, werden diese ausgeführt.

Tippen Sie zum Beispiel " load jmol/structures/salicylic_acid. mol " in die untere Hälfte des Konsolenfensters ein und drücken Sie auf "Execute" oder "Ausführen". Mit " load jmol/structures/myo.pdb" erhalten Sie das ursprüngliche Molekül zurück.

Mit "Show" oder "Anzeigen" können Sie verschiedene Informationen und Parameter, wie z.B. den Inhalt der Moleküldatei oder die momentane Orientierung des Moleküls in der Konsole anzeigen lassen.

Unter "Language" oder "Sprache" können Sie die Sprache einstellen. Wählen Sie hier bitte Deutsch, ich werde im Rest des Tutorial nur die deutsche Bezeichnung der Auswahlpunkte nennen.

Unter "About Jmol" oder "über Jmol" erfahren Sie, welche Version von Jmol Sie gerade benützen, und wieviel Ihrer Systemressources dem Applet zur Verfügung stehen.

Details der Menüführung können sich in neueren Versionen von Jmol ändern.