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Kristallpackung, Elementarzellen und Achsen
Molekülstrukturen können experimentell aus der Streueung von Röntgenstralen an Kristallen bestimmt werden.
Die so erzeugten Koordinatendateien enthalten die Koordinaten aller Molküle in der asymmetrischen Einheit des Kristalls, sowie Information über die Symmetrieoperationen, mit denen die Koordinaten der anderen Moleküle in der Elementarzelle des Kristalls berechnet werden können.
load ""; lädt die asymmetrische Einheit den geladenen Moleküls neu. Wird der Befehl direkt über ein Javaskript eingegeben (siehe Tutorial 3), so müssen die Gänsefüsschen vor dem Javaskript durch einen vorangestellten Backslash "versteckt werden (\"\"), weil sie sonst von Javaskript interpretiert anstatt an das Jmol-Applet weitergeleitet werden.
load "" {1 1 1}; benützt die Symmetrieinformation, um alle in einer Elementarzelle enthaltenenen Atome zu berechnen und darzustellen. Die Raumgruppe und die Dimensionen und Winkel der Elementarzelle werden angezeigt.
load "" {1 2 3}; Stellt insgesammt sechs Elementarzellen dar, in der ersten Dimension eine, in der zweiten zwei und in der dritten 3:
Mit "load "" {444 666 1}" 3x3x3 Elementarzellen werden dargestellt, mit der originalen im Zentrum.
show symmetry; listet die Symmetrieinformation sowie die anwendbaren Symmetrie-Operationen in der Konsole aus.
select not symmetry; wählt nur die Atome in der ersten Einheitszelle aus.
axes unitcell [linewidth-or-type]; zeichnet die x-, y-und z-Achse der Struktur ein.
unitcell [linewidth-or-type]; zeichnet die Elementarzelle des Kristalls ein
unitcell {i j k}; Verschiebt den Ursprung der Einheitszelle um i,j,k Zellenlängen
load [filename] PDB BIOMOLECULE n; lädt die Moleküle einer biologischen Einheit (pdb), auch wenn zB das zweite Molkül in einen Dimer über eine kristallographische Symmetrieoperation erzeugt werden muss.
