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Bindungen
Für kleine Moleküle ist meist in der Koordinatendatei definiert, welche Atome verbunden sind, für Makromoleküle werden die Bindungen automatisch berechnet
Um Bindungen darzustellen, die nicht automatisch erkannt wurden, kann man diese explizit einführen:
connect; ohne Parameter, löscht es alle explizit definierten Bindungen und verbindet die Atome neu durch Einzelbindungen unter Verwendung des Jmol-internen Algorithmuses.
connect [min-distance] [max-distance] [(atom-selection)] [(atom-selection)] [bond-type] [action] ;
connect [min-distance] [max-distance]; Generiert Bindungen zwischen allen Atomen, deren Distanz voneinander innerhalb der angegebenen Limiten liegt
Jmol überprüft jedoch nicht, ob die neu eingeführten Bindungen chemisch sinnvoll sind!
Dipolmomente können vom Benutzer definiert oder, wenn die Partialladungen in der Koordinatendatei angegeben sind, in einer groben Näherung berechnet werden.
dipole [(atom selection)] [modifying-parameters] [position];
[modifying-parameters] = [ on | off |delete | cross | nocross | width-in Angstrom | offset | offsetside | value ]
set dipoleScale [Wert zwischen -100 und 10.0];
Dipole:
