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Darstellung von komplexen Makromolekülen
Nicht jede Darstellung ist für jeden Typ eines Moleküls gleichermassen geeignet - Komplexe Moleküle verlangen abstraktere Darstellungen
In der Darstellung von Proteinen und Nukleinsäuren zeigt man oft nicht jedes Atom und jede Bindung, sondern beschränkt sich darauf, nur den Verlauf der Kette anzudeuten,
backbone [ on | off ]; C-alpha Trace.
backbone [ radius-in-Ångström ]; Wird der Radius als Dezimalzahl <=4.0 angegeben, so wird dies als absolute Angabe in Angstrom interpretiert, ganze Zahlen werden als Rasmol-Einheiten interpretiert.
trace [ on | off ]; geglättete Kurve durch die Mittelpunkte der Calpha-C-Bindungen.
trace [ radius-in-Ångström ];
strands [ on | off ]; stellt den Kettenverlauf in Proteinen oder Nukleinsäuren als eine Serie von parallelen Linien dar.
strand [ width-in-Ångström ];
set strands [ strandcount ]; Anzahl Linien in der Strangdarstellung, Default =5.
meshribbon [ on | off ]; stellt den Kettenverlauf als Gazestreifen dar
meshribbon [ width-in-Ångström ];
ribbon [ on | off ]; Stellt den Kettenverlauf in Proteinen oder Nukleinsäuren als Band dar.
ribbon [ width-in-Ångström ];
set ribbonBorder [ on | off ]; Verdickter Rand in der Banddarstellung.
cartoon [ on | off ]; Abstrakte Darstellung der Sekundärstrukturelemente von Proteinen.
cartoon [ radius-in-Ångström ]; Radius als Dezimalzahl <= 4.0 angegeben.
set cartoonRockets [ on | off ]; stellt beta-Faltblätter als Cartoon und Heiices als Rockets dar, Kompromiss zwischen den beiden Darstellungsweisen.
rocket [ on | off ]; noch stärkere Abstraktion als cartoon.
rocket [ radius-in-Angström ];
ssbonds [ on | off ]; stellt Disulfid-Brücken in Proteinen dar
ssbonds [ radius-in-Angström ];
set ssbonds [ backbone | sidechains ]; "set ssbonds sidechains;" zeichnet die H-Brücken zwischen den beteiligtan Atomen ein, "set ssbonds backbone;" zwischen den C-alpha-Positionen in der Backbone-Darstellung
color ssbonds [color]; erlaubt es, die Farbe der Disulfidbrücken zu spezifizieren.
Die Darstellung von Wasserstoffbrücken in Jmol lässt im Moment noch zu wünschen übrig: Wasserstoffbrücken werden nicht automatisch berechnet, und es werden bisher nur H-Brücken im Protein-Backbone und zwischen den Basen in Nukleinsäuren berechnet
hbonds calculate;Wasserstoffbrücken müssen zuerst mit explizit mit "hbonds calculate;" berechnet werden
set hbonds [ backbone | sidechains ]; "set hbonds sidechains;" zeichnet die H-Brücken zwischen den beteiligtan Atomen ein, "set hbonds backbone;" zwischen den C-alpha-Positionen in der Backbone-Darstellung.
hbonds [ on | off ];
hbonds [ Radius-in-Angström ];
color hbonds [Farbe]; erlaubt es, die Farbe der H-Brücken zu spezifizieren.
set showhydrogens [ on | off ]; Anzeigen von Wasserstoffatomen, falls diese im Koordinatenfile angegeben sind
