Die meistverwendeten Reinigungsverfahren in der Biochemie sind chromatographische Verfahren: Gentechnologisch hergestellten Proteinen werden häufig werden zur erleichterten Reinigung und Detektion Zusatzsequenzen angefügt, zum Beispiel 5-6 Histidin-Reste, die eine effiziente Reinigung durch Zinkchelat-Affinitätschromatographie und gleichzeitig auch den immunologischen Nachweis (Western Blot) mit anti-His-tag Antikörpern erlauben. Für Antikörperfragmente kommt die Reinigung durch Antigen-Affinitätschromatographie in Frage, andere Proteine werden oft über Immun-Affinitätssäulen gereinigt, bei denen monoklonale Antikörper oder gentechnisch hergestellte Antikörperfragmente gegen das zu reinigende Protein an das Trägermaterial gekoppelt sind. Häufig verwendet werden auch Ionenaustausch - Chromatographie und Gelfiltration, sowie Chromatographie auf hydrophoben Trägermaterialien (hydrophobic exchange chromatography und reverse-phase HPLC)