Nach der Behandlung mit Plasmid werden die Bakterien so verdünnt auf Antibiotika-haltige Agarplatten aufgebracht, dass die Nachkommen einzelner transfektierter Bakterienzellen unterscheidbare Kolonien (Klone) bilden. Bakterien ohne Plasmid werden durch das Antibiotikum abgetötet. Einzelne Kolonien werden in Röhrchen mit Flüssigmedium transferiert, diese Kulturen nach Aufwachsen in grössere Flaschen transferiert, nach Bedarf bis hin zum 50-Liter Fermenter.

Wenn die Bakterien sich genügend vermehrt haben, wird durch Zusatz bestimmter Substanzen zum Nährmedium die Produktion der Fremdproteins ausgelöst.

Die Bakterien werden durch Zentrifugation vom Medium abgetrennt und aufgeschlossen, damit das produzierte Protein isoliert werden kann.