Neben der Einführung von kurzen Peptidsequenzen können erheblich grössere Veränderungen des Antikörperfragments durchgeführt werden: Durch gezielte Mutationen wird die Stabilität und Produktionsausbeute verbessert. Änderung der nicht in die Antigenerkennung einbezogenen Oberfläche erlaubt es, die Antigenizität zu verringern. Durch Multimerisierungsdomänen können mehrere Bindungsstellen in einem Molekül vereint werden, was die Avidität erhöht. Dies erlaubt auch, scFvs mit unterschiedlichen Spezifitäten zu kombinieren, um damit zum Beispiel T-Zellen zu Tumorzellen hinzuführen und so das zelluläre Immunsystem gegen Krebs zu aktivieren. Immunotoxine kombinieren bakterielle Toxine mit tumorspezifischen Antikörperfragmente, der His-Tag (5-6 Histidin-Reste, die an die scFV-Sequenz angehängt sind) erlauben die schnelle Markierung mit radioaktivem Technetium zum Nachweis von Primärtumoren und Metastasen, und an das scFV gekoppelte Enzyme erlauben die Aktivierung von zytotoxischen Medikamenten direkt am Wirkungsort, um so deren Nebenwirkungen zu minimieren .