Zur Bestimmung der DNS-Sequenz wird eine Variante der PCR-Methode verwendet.

Da nur ein Primer benützt wird, findet keine exponentielle DNS-Amplifikation statt, es wird pro Runde und pro Template-Molekül nur ein Gegenstrang synthetisiert. Der Primer ist Fluoreszenz-markiert, und somit auch der neu synthetisierte DNS -Strang. Der Reaktionsmischung werden kleine Mengen von Di-Deoxynukleotiden (ddNTP) zugegeben. Wird so ein Nukleotid in den Strang eingebaut, bricht die Strang-Synthese ab. Es entstehet also ein Gemisch von Strängen unterschiedlicher Länge, die alle mit dem gleichen Nukleotidtyp aufhören. Wird dieses Gemisch nun in einem Polyacrylamidgel im elektrischen Feld nach Stranglänge aufgetrennt, so kann aus dem Vergleich des Musters der in Anwesenheit von ddATP, ddTTP, ddCTP und ddGTP synthetisierten DNS-Strängen direkt die Sequenz des Strangs abgelesen werden.