DNS-Stücke werden in ein Plasmid eingebaut. Diese kreisförmige DNS enthält ausser dem Fremdgen mindestens Kontrollsequenzen zur Vermehrung des Plasmids in Bakterien (Replikations-Ursprung) und ein Antibiotika-Resistenz-Gen oder einen anderen selektierbaren Marker, damit sich nur Bakterien, die ein Plasmid aufgenommen haben, weiter vermehren können. Ausserdem enthält es Kontrollsequenzen, die es erlauben, die Synthese des Fremdgens zu regulieren. Wenn es für Phage-Display verwendet werden soll, braucht es zusätzlich Replikations- und Verpackungssignale für Bakteriophagen (Phagemid)

Durch DNS-Sequenzierung wird bestätigt, dass das richtige DNS-Stück an der richtigen Stelle eingebaut wurde